En fin de l'année -3 959, Revan est de retour a la tête d'une flotte gigantesque qui surprend tout le monde.
La galaxie est sous le choc quand elle apprend que désormais Revan se fait appeler Dark Revan et qu'il prend le contrôle de nombreux systèmes.
L'Empire de Revan est né et de nombreux Jedi, dégouté par l'attitude du conseil durant les Guerres Mandaloriennes rejoignent le Héros.
Les jedi décident alors de s'opposer à Dark Revan, c'est le début de la Guerre Civile des Jedi.
Malgré le contrôle de l'Empereur des Sith, Revan reste un être bon, plus encore il semble prendre le dessus sur le contrôle et évite tant qu'il le peux de tuer.
Alors que Revan se rend auprès de son ancien Maître Arren Kae, qui fut bannit par le conseil au début des Guerres Mandaloriennes, Dark Malak veux montrer sa puissance aux jedi, il ordonne donc a Saul Karrath de bombarder Télos IV.
La bataille de Télos ( - 3 958 ) est une véritable tragédie, Le "Léviathan" contourna les défenses de la planète et ouvrit le feu. Presque toute la vie fut éradiquée. Carth Onasi et ses camarades Télosiens venaient a peine de rentrer des Guerres Mandaloriennes et de la reconstruction qui s'en suivit, ils assistèrent impuissant a l'attaque de ceux qu'ils prenaient pour des amis.
Revan de retour, apprit la tragédie il convoquât donc Malak pour un entrainement et l'attaqua. d'un coup de sabre il amputa son apprenti de sa mâchoire en lui disant: "plus jamais!".
Un piège fut tendu a Revan et Malak vers - 3 956, Bastila Shan, une Padawan experte dans la méditation de combat, devait infiltrer le vaisseau de Revan durant une bataille. Sur le pont Bastilla et ses alliés se retrouvèrent face a Revan prêt a se battre. C'est alors que Dark Malak, depuis son vaisseau le Léviathan, ordonna à ses canonniers d'attaquer le vaisseau de son maître. De puissantes explosions retentirent sur le pont. Tous les camarades jedi de Bastila furent tués, mais par chance, elle s'en sortit quasi-indemne. Dark Revan était à terre. Elle sentit qu'il était vivant mais gravement menacé de mort. Son respect pour toute vie, dû à son entraînement de jedi, la fit secourir Revan. Dark Malak, enfin seigneur noir des Sith ignorait alors tout de la survie de son maître.
Revan fut soigné et sa mémoire fut effacée, le conseil Jedi lui créa alors une nouvelle identité dans l'espoir que Bastilla puisse en restant a ses cotés apprendre certain secret gravé dans l'inconscient de Revan.
Lors de la bataille de Taris ( - 3 956 ), Bastilla se trouvait a bord de l'Endar Spire avec a ses coté Revan se croyant un simple soldat.
L'Endar fut détruit par Malak et il s'écrasa, il n'y eut que 3 survivants: Revan, Bastila et un Jeune Capitaine Carth Onasi.
Apprenant la survie de Bastila, Dark Malak entra dans une colère noire et ordonna la destruction de Taris, monde qui pourtant lui appartenait.
Grâce a Mission Vao, Zaalbar et Canderous Ordo, les trois survivant de l'Endar réussirent a quitter la planète, au moment de sa destruction, a bord d'un petit cargo: l'Ebon Hawk.
Revan reprit la voie des Jedi, il fut formé a nouveau et parti en quête de la Forge Stellaire, a cause de rêve troublant.
Découvrant sa véritable identité Revan continua son voyage au cotés de ses nouveau amis et poursuivit le combat contre Dark Malak.
Revan trouve Rakata Prime et la Forge Stellaire, s'engage alors la Bataille de la Forge stellaire opposant la Flotte de la république a celle de Malak alors que Revan s'introduit a l'intérieur de cette puissante forteresse Rakata.
En combat singulier Revan tua son ancien élève et redevint le Héros de la République.
Revan triomphant de Dark Malak.